Dentro de la jurisdiccion de la CAR se encuentra el rio Bogota, uno de los mas contaminados del mundo, y es por esto que se estan tomado medidas no solo a nivel distrital sino departamental, como el Megaproyecto Rio Bogota, en donde esta contenida la Adecuacion hidraulica y recuperacion ambiental rio Bogota (AHRARB) segun lo establece el CONPES 3320 de 2004. Siendo una de las obras de mayor envergadura dentro de la region es fundamental que el rio Bogota llegue a los estados optimos no solo para evitar, desastres naturales como los ocurridos en la ola invernal 2010 – 2011, sino tambien por las poblaciones que viven en su cuenca, su importancia ecosistemica, siendo esta hogar de cientos de especies y considerada como zona de importancia ambiental de la region.