El presente estudio esta basado en la optimizacion de las condiciones electroliticas de una celda electroquimica de catodo y anodo separados selectivamente pero no aislados, la cual permite la transferencia de cargas selectivamente por medio de un sistema de membranas, dando origen a las celulas de flujo ionico selectivo (CFIS) para produccion de hidrogeno como combustible alternativo partiendo de una matriz biologica abundante y de muy bajo coste que es la orina. El uso de energias limpias ha ido creciendo, el hidrogeno es uno de los principales productos que a largo plazo podrian remplazar los combustibles fosiles y otras fuentes de energia convencionales, de acuerdo con la denominada “Economia del Hidrogeno” la produccion mundial de este combustible es poco factible en terminos economicos considerando aspectos como: consumo energetico para la produccion, transporte, almacenamiento, entre otros. La orina es una fuente para producir hidrogeno economicamente mas viables que otras fuentes, por esto los excrementos podrian aplicarse como precursores inmediatos para sustituir fuentes energeticas convencionales (hidrocarburos, gas domiciliario, hidroelectricidad, etc.), adicionalmente, las aguas residuales que contengan excrementos en general pueden ser tratadas mediante el uso de las CFIS, de tal manera que estas aguas sean remediadas y a la vez se produzca energia en forma de H2. En este trabajo al sistema electrolitico se le adecuo un sistema de paso de corriente mediante electrodos y electrolitos de tal manera que se facilito la electrolisis principalmente de urea y moleculas organicas presentes en la orina, ademas se instalo un sistema de monitoreo que permite la medicion de la cantidad de hidrogeno producido en linea y de manera continua, asi como la medicion de los parametros electricos (potencial electrico aplicado y corriente electrica). Con esto fue posible calcular la maxima eficiencia energetica de la celula, demostrando que este sistema aporta un 79.2% de la energia electrica aplicada, utilizando un potencial de 4 V, una corriente de 0.23 A, con una concentracion de acido fosforico de 0.0037 M y sin la adicion de electrolitos a la orina. La CFIS alcanza porcentajes de H2 con valores superiores al 70%.