La nutria neotropical, Lontra longicaudis, es considerada como una especie bandera para la conservación de los ecosistemas en los que habita, actualmente se encuentra en estado vulnerable. Como estrategias de conservación se han propuesto programas de rehabilitación, crianza y reintroducción de individuos cautivos. Dentro de las estrategias de crianza, la dieta se convierte en uno de los aspectos del manejo más relevantes para ser estudiado, ya que afecta a la comunidad microbiana asociada al intestino. Esta comunidad es importante porque de ella dependen varios aspectos de la fisiología del animal. Este es el primer trabajo en Suramérica sobre la comunidad bacteriana intestinal de la nutria neotropical L. longicaudis, en el cual se comparó la estructura y diversidad de la comunidad bacteriana de individuos silvestres y en cautiverio por medio de la técnica PRC-DGGE utilizando como marcador molecular la región del 16S rADN. Para evaluar la comunidad de bacterias del intestino de la nutria, se analizaron muestras de animales en cautiverio de los zoológicos de Piscilago y Cali y de animales en estado silvestre de la cuenca del río Sinú y de la cuenca del río La Vieja. Contrario a lo esperado, se observó que no hay diferencias en las características evaluadas de la comunidad de bacterias, entre individuos silvestres y en cautiverio.