Los dipteros, son uno de los ordenes de insectos mas complejos, abundantes y ampliamente distribuidos en el mundo. Relevantes en la cadena trofica y de incidencia en salud publica, ya que algunos son vectores biologicos de agentes causales de enfermedades que afectan al hombre. Dada su importancia ecologica se realizo el presente estudio enfocado a evaluar los dipteros en el Rio Anchique, departamento del Tolima, durante varios periodos hidrologicos con base en el historico del IDEAM (instituto de Hidrologia, Meteorologia y Estudios Ambientales) de los ultimos 20 anos (mayo-julio-diciembre de 2015 y abril- julio de 2016). Se hicieron colectas en cuatro estaciones a lo largo del rio, a traves de redes pantalla, Surber y Tamiz, en cuatro sustratos (arena, grava, hojarasca y roca). Paralelamente se tomaron muestras de agua para los analisis fisicoquimicos. Se colectaron 20.599 larvas, distribuidas en 10 familias y 22 generos. Simuliidae, fue la familia con mayor abundancia y distribucion (55,58%), seguida de Chironomidae (38,9%) y Culicidae (3,54%), mientras que Empididae, Muscidae y Stratiomyidae, registraron las menores abundancias (<1%). La prueba NMDS mostro diferencias significativas entre los ensamblajes. El Analisis de Correspondencia Canonica, mostro que las variables dureza, alcalinidad, pH, Solidos totales y conductividad electrica influyen sobre la composicion de la fauna, a excepcion de los generos Simulium, Tabanus y Limnophora quienes no registraron ninguna relacion con las variables fisicoquimicas evaluadas. Los resultados obtenidos son un aporte importante al conocimiento taxonomico generando informacion de linea base del orden Diptera para el desarrollo de planes de manejo y conservacion para futuros estudios en el Departamento.