Introduccion: Actualmente existen numerosos materiales y procedimientos en Odontologia y Medicina, que si se utilizan indiscriminadamente y sin las medidas de bioseguridad y estandarizacion minimas, pueden ocasionar efectos potencialmente daninos y toxicos para el sistema estomatognatico. Objetivo: Determinar la relacion de las alteraciones del sistema estomatognatico con el uso de materiales y procedimientos en la practica odontologica y medica. Metodos: Estudio observacional, descriptivo, retrospectivo. Se revisaron 3 193 historias clinicas de pacientes de la Clinica Odontologica de la Universidad Cooperativa de Colombia-Pasto durante 2005-2015 y una base de datos de 3 443 pacientes del Hospital Universitario Departamental de Narino con alteraciones relacionadas durante 2003-2013. Se encuestaron 36 especialistas de Odontologia y Medicina. Pacientes con enfermedades predisponentes relacionadas e historias clinicas incompletas fueron excluidos. Las alteraciones se dividieron en 5 grupos: materiales, manipulacion, anestesia, radiologia diagnostica y quimicos. Resultados: Presentaron alteraciones 239 pacientes de la Clinica Odontologica (prevalencia= 6,1 % IC95 % [5,4 %-6,9 %]), especialmente por materiales (estomatitis subprotesica) y manipulacion (tratamientos endondonticos contaminados); se encontraron 64 tipos de alteraciones (16 en HC y 48 en encuestas). En el Hospital Universitario Departamental de Narino, 250 pacientes presentaron alteraciones (prevalencia= 7,3 % IC95 % [6,4 %-8,2 %]), principalmente por traumas en endoscopia y procedimientos quirurgicos, efectos adversos a medicamentos y abscesos y heridas en boca; se encontraron 53 tipos de alteraciones (34 en historias cinicas y 19 en encuestas). Los materiales mas relacionados con alteraciones son: latex, amalgamas e hipoclorito de sodio. Conclusiones: El evidente subregistro indica la necesidad de capacitar a los profesionales para fortalecer la prestacion de los servicios y mejorar los procedimientos odontologicos y medicos. Palabras clave: Sistema estomatognatico; enfermedad iatrogenica; trastornos relacionados con sustancias; materiales biomedicos y dentales.