Antecedentes: Todavia se desconoce el origen del poblamiento americano, pero con el tiempo se han desarrollado diversas teorias al respecto. Colombia fue un importante vinculo entre los hemisferios Norte y el Sur del continente americano. Los primeros habitantes de Colombia vinieron del norte a traves de Panama, entrando para la region de Darien. Otras personas llegaron en oleadas de migracion desde el Oceano Pacifico. Colombia fue elegida como insumo para la colonizacion espanola desde el siglo XVI hasta el continente. Cuando los espanoles llegaron a Colombia vivian diversas tribus en este territorio: nukak, coreguaje y arhuaco, entre otras. Al igual que en Mesoamerica y America del Sur fueron diezmados por la guerra y las enfermedades traidas por las poblaciones europeas. Objetivo: Comparar las distancias geneticas de una poblacion barranquillera y establecer la relacion entre los nativos americanos de paises como Argentina, Mexico, Estados Unidos y los amerindios colombianos para determinar su filogenia con base en los genes HLA-DRB1 y DQB1. Metodos: Se tipificaron 43 individuos para los alelos HLA-DRB1 y DQB1. Se analizaron las frecuencias alelicas HLA de 4792 cromosomas de 32 amerindios colombianos y americanos. Se utilizaron los datos HLA disponibles de estas poblaciones nativas y se compararon usando distancias geneticas y construyendo dendrogramas de Neighbor-Joining y analisis de correspondencia. Resultados: Con base en estos analisis se encontro que existe una estrecha relacion entre los indigenas de la Sierra Nevada de Santa Marta con los indigenas mayas de Mesoamerica. La tribu wayuu tiene relaciones mas estrechas con las poblaciones sudamericanas y norteamericanas. Los nativos de Colombia oriental y occidental estan asociados geneticamente con las poblaciones sudamericanas del rio Gilda y los mapuches. La poblacion de Barranquilla se encuentra entre las poblaciones mestizas y un poco distante de las poblaciones indigenas. Se hallaron varios diaplotipos DRB1/DQB1, unicos en el mundo. Conclusiones: Como se observo en este estudio, Colombia recibio influencia genetica tanto del sur como del norte del continente. Estos resultados muestran (de acuerdo con estudios previos) que la tribu coreguaje comparte muy pocos alelos con otras tribus indigenas colombianas y que tienen mas asociacion con los mixtecos de Mexico. La genetica de la poblacion barranquillera es mas acorde con la de los mestizos, ademas, en ella se encontraron alelos no reportados en la literatura mundial.