La leche es un alimento completo para la dieta de los seres humanos, por tanto, hace un medio de cultivo ideal para el crecimiento de una gran variedad de microorganismos; ademas de esto, la presencia de macroorganismos patogenos en queso depende en la manera de la calidad y el tratamiento termico de la leche. De aqui la necesidad de elaborar un queso que ademas de mantener las caracteristicas del queso costeno original, cumpla con los requisitos microbiologicos establecidos por la norma; por tal razon esta investigacion se baso en el estudio microbiologico del queso costeno elaborado con leche pasteurizada, usa principalmente tres temperaturas de pasteurizacion con tiempos diferentes 63 -30min, 73 -15 s y 83 1s, con cortes de 1, 3 y 5 cm, tiempo de presado de 1 y 3 horas y peso de presado de 6 y 18 veces su peso, para de esta manera determinar el tratamiento termico mas efectivo en la eliminacion de los microorganismos en el estudio tales como Mohos y Levaduras, Aerobios Mesofilos, Coliformes totales, Coliformes fecales Staphylococcus aureus y Salmonella sp, por lo que se realizo un diseno experimental completamente al azar con arreglo factorial 3x3x2x2 para estudiar los resultados, llegando a la conclusion que desde el punto de vista microbiologico el tratamiento termico mas efectivo fue el de 83°-1s.