Este articulo busca mostrar el desarrollo de un algoritmo que permite la comparacion de secuencias de ADN relacionadas con enfermedades del sistema nervioso central, a partir de tres metodos conocidos como: alineamiento global, alineamiento local y por tripletes con la ayuda de una base de datos conformada por informacion necesaria acerca de las enfermedades consultadas, incluyendo 5 secuencias diferentes por cada una. Esta investigacion tuvo como objetivo desarrollar un algoritmo que utiliza tecnicas sencillas para aquellos que se encuentren iniciando estudios sobre alineamiento de secuencias geneticas; por tanto, brinda informacion sobre las principales enfermedades del sistema nervioso central, haciendo enfasis en la importancia de la bioinformatica para su estudio y comprension. Asi mismo, se presenta el desarrollo de un algoritmo de alineamiento de secuencias geneticas mas especifico y sencillo, por medio de los metodos mencionados, obteniendo como resultado una base de datos puntual sobre las enfermedades mas comunes en el sistema nervioso en el que se centran resultados sobre las coincidencias encontradas en las secuencias geneticas. PALABRAS CLAVE: Algoritmo, Alineamiento, Bioinformatica, Secuencia, Sistema, Enfermedad.