Una de las actividades economicas y culturales importantes del sector rural en el departamento de Narino la constituye la produccion de cuyes (Cavia porcellus). Sin embargo existen problemas sanitarios de importancia relacionados con diversos tipos de enfermedades que generan bajas utilidades economicas al productor; ademas no existe una farmacologia especifica para dicha especie que pueda controlar o evitar las dificultades sanitarias en la produccion. El uso de antibioticos es una de las primeras opciones para contrarrestar las enfermedades en los animales, los cuales son utilizados con fines profilacticos y curativos, pero elevan el costo de produccion y comercializacion, tienen poco control sanitario y pueden causar efectos secundarios en el animal. Una opcion viable ante dicha situacion es el empleo de microorganismos con caracteristicas probioticas, ya que, entre otras funciones ejerce un efecto protector del tracto gastrointestinal contra la colonizacion por microorganismos extranos, el balance y el mejoramiento de la composicion de la microflora normal, que puede verse afectada por la presencia de enfermedades. En este estudio se evaluo las cepas probioticas Lactobacillus plantarum ATCC® (American Type Culture Collection) 8014 y Lactobacillus casei ATCC® 334, para continuar con investigaciones previas realizadas de manera in vitro por Jurado, Martinez, Calpa y Chaspuengal, quienes demostraron sus caracteristicas probioticas, frente a la incidencia de la Yersinia pseudotuberculosis una de las bacterias que mas afecta a la produccion cuyicola. Para tal fin, se evaluaron los inoculos de dichos Lactobacillus de acuerdo a las condiciones favorables de las cineticas de crecimiento encontradas en las investigaciones in vitro. Se determinaron parametros zootecnicos como ganancia de peso y conversion alimenticia y manifestaciones de signos de enfermedad. Ademas, se llevaron a cabo pruebas de laboratorio: cuadro hematico, quimica sanguinea: BUN (nitrogeno ureico en sangre) y creatinina, parcial de orina y coprologico, antes y despues de la administracion de los Lactobacillus a los animales seleccionados. De igual manera se analizo la eficacia de la colonizacion de las cepas probioticas mediante pruebas histologicas, histoquimicas, inmunohistoquimicas y microscopia electronica de los tejidos intestinales. Finalmente se efectuaron pruebas adicionales de cromatografia por gases para determinacion de acido lactico en la carne e identificacion de peptidos del sobrenadante por HPLC – DAD (cromatografia liquida de alta eficacia con detector de arreglo de diodos) para cada una de las cepas. Esta investigacion se llevo a cabo en el Laboratorio del Grupo de Investigacion FISE - PROBIOTEC, en la sala de necropsia de la Clinica Veterinaria “Carlos Martinez Hoyos” y el Bioterio de la Universidad de Narino.