Una de las tendencias de alimentos, es la de minimamente procesados, tendencia que atiende la necesidad de consumidores que quieren ingerir productos con el menor nivel de transformacion acompanado, de poca intervencion industrial, sin adicion de sustancias quimicas. Es asi como en esta investigacion se planteo identificar factores microbiologicos alterantes en jugo de naranja (sweety-valencia) y mandarina (arrayana) para su bioconservacion. Para esto, se realizo caracterizacion fisicoquimica y microbiologica en jugos almacenados a 3 temperaturas diferentes (refrigeracion-abuso) por 120 horas. Las variables a medir fueron: solidos solubles (°Brix), potencial de hidrogeno (pH) y porcentaje de acidez para las fisicoquimicas; en las microbiologicas, se realizo conteo y aislamiento de mesofilos-aerobios, psicrofilos-aerobios, bacterias acido-lacticas, mohos-levaduras; asi como la caracterizacion macro-microscopica de los microrganismos presentes en el jugo, estos, se organizaron en grupos asociados con el deterioro y llevados a identificacion molecular. Para la bioconservacion; se utilizo extracto etanolico de hojas de naranja y moringa, aceite esencial de naranja, bacteriocinas de bacterias acido-lacticas y como control benzoato de sodio y oxitetraciclina contra microorganismos patogenos y alterantes Escherichia coli, Salmonella spp. Saccharomyces cerevisiae y dos de las levaduras alterantes aisladas; los ensayos de reto se realizaron por la tecnica de pozos y ciclos log reducidos, retando con poblacion inicial de 10 8 UFC/mL, dos concentraciones de extractos (50 y 25% v/v) . Los resultados fisicoquimicos arrojaron un aumento de acidez, una disminucion de pH y °Brix, el aislamiento y la identificacion molecular arrojo que los microorganismos comunes en los jugos evaluados eran Rhodotorula sp y Pichia sp. Los resultados de pozos lograron evidenciar capacidad inhibitoria para S.cerevisiae, Rhodotorula y Pichia retadas con extractos (Naranja - Moringa) y bacteriocinas. En cuanto a los ciclos reducidos se alcanzaron 7 ciclos-log para estos microorganismos. Estos resultados permiten encontrar bioconservantes de recursos organicos mitigando la alteracion de productos minimamente procesados.