Al funcionar en Colombia paralelamente dos sistemas de justicia, la jurisdiccion ordinaria y la especial indigena, es posible que se presenten conflictos de competencias entre ambas. Como aun el legislador no ha establecido las formas de coordinacion entre ellas, es preciso que el interprete judicial en su solucion se atenga a las circunstancias particulares del caso concreto determinadas por la jurisprudencia nacional. La jurisdiccion especial indigena faculta a las autoridades indigenas a administrar justicia en todas las ramas del derecho, de acuerdo a los usos, costumbres, normas y procedimientos que cada comunidad indigena posee. El objetivo principal de esta investigacion es analizar el conflicto de competencia entre la jurisdiccion especial indigena y la jurisdiccion ordinaria, teniendo en cuenta la jurisprudencia y la doctrina nacional. Los objetivos secundarios son: conocer los limites que tiene la jurisdiccion especial indigena, difundir su conocimiento a todos los niveles de la sociedad, e identificar el interes que prevalece entre la jurisdiccion especial indigena y la ordinaria al presentarse un conflicto de competencias entre ambas. En la presente investigacion se utilizo el metodo cualitativo-descriptivo. Para que proceda la jurisdiccion indigena se requiere que exista una autoridad tradicional con vocacion para ejercerla, que el sindicado sea miembro activo de una comunidad indigena, y se comporte segun sus usos y costumbres ancestrales. El operador judicial, debe valorar el grado de aculturamiento del indigena sindicado de un acto ilicito, para que se le aplique o no el fuero especial indigena y sea juzgado por sus propias autoridades judiciales.