Doscientas sesenta y una accesiones del genero Capsicum del banco de germoplasma del Instituto Amazonico de Investigaciones Cientificas (Sinchi) se evaluaron a traves de cinco sistemas enzimaticos polimorficos: esterasa (EST), peroxidasa (PRX), 6-fosfogluconato deshidrogenasa (6-PGDH), aspartato amino transferasa (GOT) y enzima malica (ME). Se utilizo un analisis de agrupamiento (Upgma) con el fin de determinar la variabilidad genetica. Se observo un agrupamiento de las especies C. baccatum y C. pubescens, mientras que las especies C. annuum, C. chinense y C. frutescens no mostraron un agrupamiento independiente, lo cual ya ha sido reportado en estudios por isoenzimas para el genero. Varias accesiones mostraron caracteristicas particulares para estudios ecologicos y evolutivos