Introduccion: Colombia es uno de los paises con mayor numero de casos por virus del chikungunya (VCHIK). Durante la epidemia, se habian notificado hasta diciembre de 2015 466.491 casos y 54 muertes. Por lo cual el objetivo es estimar la posible asociacion entre la presencia de biomarcadores y las manifestaciones cronicas de la enfermedad del VCHIK. Metodologia: Se realizo un estudio de corte transversal a partir de una cohorte de seguimiento de pacientes del corregimiento de San Joaquin (Mahates – Bolivar). Se describieron las caracteristicas sociodemograficas, clinicas para cada fase de la enfermedad y los biomarcadores inmunologicos para la fase cronica. Resultados: De los 557 pacientes encuestados el 50,1% (279/557) fueron mujeres, la edad media de los pacientes participantes fue de 32 anos. La fase aguda se caracterizo por la presencia de fiebre, rash, cefalea. El 48.1% (268/557) de los pacientes pasaron de fase aguda de la enfermedad del VCHIK a fase subaguda, con sintomas como dolor de extremidades inferiores y dolor de extremidades superiores. En la fase cronica 22.2% (124/557) de los pacientes reportaron continuar con sintomas como dolor de extremidades y poliartralgias. Conclusiones: El 22.2% de la poblacion con enfermedad del VCHIK evoluciono a fase cronica de la enfermedad. En la mayoria de pacientes con enfermedad del VCHIK en fase cronica de la enfermedad se encontro niveles elevados de biomarcadores como la IL-6, TNF α y TGF α. No se encontro asociacion entre los marcadores inmunologicos y las manifestaciones clinicas de la fase cronica.