El humedal Meandro del Say, a pesar de su importancia ecosistemica y ambiental ha sido poco estudiado y protegido, razon por la cual, se esta viendo amenazado por la urbanizacion y la contaminacion por vertimientos liquidos y solidos producto de las actividades industriales que se realizan en la zona franca de Fontibon, presentando problemas de alteracion a la calidad de agua, enriquecimiento de nutrientes, entre otros tensores que incrementan dicha problematica en el humedal, contribuyendo con la proliferacion de comunidades planctonicas y de macrofitas que disminuyen el espejo y columna de agua y consecuente eutrofizacion del humedal. Esta investigacion se baso en la determinacion de la estructura y dinamica de la comunidad planctonica del humedal Meandro del Say y su relacion con las condiciones fisicoquimicas de calidad del agua; para lo cual se realizaron 4 muestreos, respondiendo al comportamiento hidroclimatologico (septiembre 2014 y enero 2015 ausencia de lluvias y sus transiciones, octubre 2014 y noviembre 2014 presencia de lluvias y sus transiciones), en 3 puntos de muestreo o estaciones (entrada clausurada del rio Bogota, parte media, zona industrial y la vecindad por la zona residencial). Por otro lado, se hallaron indices de diversidad de Simpson y Shannon y la correlacion de Pearson para relacionar los parametros fisicoquimicos con la comunidad planctonica. En el analisis realizado, se encontro que las tres estaciones presentan variaciones significativas y relevantes en las diferentes epocas de muestreo, destacandose siempre la baja concentracion del % de saturacion de oxigeno disuelto, un reporte alto en la concentracion de conductividad, variaciones de pH entre acidas y alcalinas pero no consideradas como extremas y una temperatura normal entre los indices de tolerancia; todos estos factores relacionados con una alta diversidad de especies de fitoplancton de las cuales sobresalen Navicula sp1 y sp2,Microcystis sp, Polycystis aeruginosa, Closterium sp1 y sp2, Fragilaria sp entre otros y una diversidad menor de zooplancton representada por especies como: Trachelomonas sp1 y sp2, Arcella sp1 y sp2,Didinium sp, Daphnia sp, entre otros. Estas especies se consideraron como bio indicadores y se caracterizan por presentarse en zonas catalogadas como eutroficas, con grandes cargas organicas, estancadas y contaminadas, dando un respaldo de la perdida progresiva del Humedal Meandro del Say, por las caracteristicas anteriormente descritas. Por otro lado, por medio de la correlacion de Pearson se evidencio que la mayor influencia sobre la comunidad planctonica esta dada por los parametros de pH y porcentaje de saturacion de Oxigeno Disuelto, seguido de la temperatura y la conductividad.