La acuaponia surge de la combinacion entre la acuicultura y la hidroponia. Las plantas funcionan como filtros biologicos. El incremento de amonio en el sistema de cultivo puede ocasionar alteraciones importantes en la salud de los organismos, incluso la muerte. Se ha demostrado que las plantas acuaticas absorben el amonio del agua. Myriophyllum aquaticum y Pistia stratiotes son dos especies de hidrofitas, con gran potencial de crecimiento en ambientes ricos en nitrogeno. El objetivo de este estudio fue determinar la capacidad de absorcion de amonio de estas especies como parte de los filtros biologicos en sistemas acuaponicos bajo diferentes tiempos de retencion hidraulica (TRH), en el cultivo de Oreochromis aureus. De acuerdo con nuestros resultados, el TRH afecta de forma directa la capacidad de absorcion del amonio por parte de las hidrofitas evaluadas, comportandose de manera similar. Las hidrofitas evaluadas tienen capacidad para absorber el amonio presente en el agua de efluentes, por lo que pueden ser utilizadas como parte de los filtros biologicos en sistemas acuaponicos para el cultivo de O. aureus. El TRH afecta de forma directa la capacidad de M. aquaticum y P. stratiotes para la absorcion del amonio presente en el agua del sistema acuaponico.