El biodiesel a partir de microalgas ha surgido como una fuente de energia renovable y una alternativa potencial a los carburantes fosiles. Por tal motivo, son numerosos los esfuerzos por encontrar soluciones a los cuellos de botella que limitan su viabilidad tecnoeconomica. Una opcion para reducir los costos, ha sido la utilizacion de diferentes tipos de agua como medio de cultivo. Es asi, como en este trabajo se propuso el uso de agua lluvia y agua de techos verdes para la produccion de biodiesel. Con la finalidad de evaluar dicha propuesta, agua lluvia, agua proveniente de techos verdes y agua sintetica fueron utilizadas como medios para cultivar Chlamydomonas sp. Las pruebas se realizaron a nivel de laboratorio, en reactores tipo plano disenados en el presente estudio y en matraces, en ausencia de agitacion y sin control de temperatura, luz y CO2. Segun el tipo de agua utilizado, se encontraron diferencias en la cinetica de crecimiento, en las productividades de la biomasa, de los lipidos totales, y en la composicion de los acidos grasos. En los matraces, el sistema que empleo agua de techos verdes filtrada (MTVf) exhibio las mayores productividades de biomasa y de lipidos totales, 0,3716 ± 0,054 g/L/d y 0,078 ± 0,013 g/L/d, respectivamente. Por su parte, el cultivo con agua de techos verdes sin filtrar (MTVsf) presento los acidos palmitico C16:0, palmitoleico C16:1 y linolenico C18:3, los cuales son reconocidos como indispensables en biodiesel de buena calidad. Bajo las condiciones de operacion del estudio, Chlamydomonas sp. exhibio crecimiento y presencia de lipidos totales en los reactores con agua sintetica (RRSm) y agua de techos verdes filtrada (RTV).