La Leishmaniosis y la enfermedad de Chagas son causas importantes de morbilidad y mortalidad en Colombia y en paises tropicales. Los tratamientos existentes son insatisfactorios mientras que la enorme biodiversidad en nuestro medio aparece como una fuente abundante de productos potencialmente antiparasitarios. En este trabajo evaluamos dos fracciones extraidas de una planta del genero Sapindus, con actividad anti- Leishmania y anti-Trypanosoma para determinar su eventual efecto mutagenico o genotoxico, mediante el Test de Ames y el Ensayo Cometa. Se estudiaron dos fracciones con actividad antiparasitaria promisoria, 3S-E y 3S-F, a tres concentraciones diferentes: 0,3, 3 y 30 μg/ml. Los resultados obtenidos indican que ninguna de las fracciones es mutagenica en las cepas de Salmonella typhimurium evaluadas, TA-100 y TA-98. En el ensayo de genotoxicidad (Cometa), la fraccion 3S-E mostro diferencias estadisticamente significativas entre las dosis 3 y 30 μg/ml y el control negativo (DMSO 1,5%), lo cual indica la capacidad de esta fraccion de afectar el material genetico. Por lo tanto, se requieren estudios adicionales que permitan determinar la capacidad genotoxica de la fraccion 3S-E en celulas humanas, dentro del rango de dosis efectivo como antiparasitarias. De manera interesante, la fraccion 3S-F mostro no ser genotoxica en linfocitos humanos de sangre periferica, lo cual permite postular esta fraccion como candidato para continuar su desarrollo como posible tratamiento contra la Leishmaniosis y la enfermedad de Chagas.