El presente trabajo tiene como proposito contribuir al conocimiento del complejo mayor de histocompatibilidad clase II (CMH-II) de los monos Aotus, contribuyendo a la validacion de este primate como modelo experimental, y aumentando el conocimiento en la evolucion de los genes del CMH en primates. Ademas, se profundizo en el analisis de convergencia y polimorfismo de los genes del CMH-DR en primates. Se implementaron metodologias de modelacion computacional de la union CMH-peptido, como herramientas necesarias para entender los mecanismos de presentacion de peptidos por parte del CMH clase II a los linfocitos T. El estudio del polimorfismo de la region de union al peptido, permitio el desarrollo de estrategias para reducir eficientemente el numero de sistemas a considerar en el diseno de peptidos a ser usados como candidatos a vacuna contra la malaria. Usando mineria de datos sobre distribuciones de Ramachandran, se desarrollo una escala de similitud estructural de aminoacidos, con el fin de implementar su uso en el desarrollo de peptidos candidatos a vacunas. Adicionalmente, se encontro que la estructura secundaria de las proteinas tiene una relacion clara con los patrones evolutivos de sustitucion y la mutabilidad de los aminoacidos. Asi, se ha generado un marco de conceptual que contribuye al desarrollo de vacunas basadas en peptidos, que tiene como base el estudio del polimorfismo del complejo mayor de histocompatibilidad, las restricciones fisicoquimicas/estructurales que moldean el proceso de reconocimiento molecular involucrado en la interaccion CMH-peptido y la aplicacion de metodologias computacionales para cuantificar el proceso de union CMH-peptido.