En esta investigacion se estimo la biomasa aerea y el carbono retenido en especies representativas de la Reserva Forestal Protectora, Cuenca alta del Rio San Francisco, vereda de Chipauta, Guaduas (Cundinamarca) pertenecientes a bosque natural y plantaciones forestales. La estimacion de la biomasa aerea en las especies pertenecientes a bosque natural se realizo con base en 13 ecuaciones alometricas disponibles en la literatura y generadas para diferentes tipos de bosque, seleccionando finalmente la ecuacion propuesta para bosques humedos premontanos; para las especies pertenecientes a bosque plantado esta se estimo en funcion de la biomasa fustal y el calculo del factor de expansion de biomasa (FEB) mediante inventarios forestales. En ambos casos para cuantificar el carbono almacenado en la biomasa, se asumio un contenido de carbono de 50%. Se encontro que la contribucion de las especies a las reservas de biomasa y carbono se da de forma desigual, encontrando que para bosque natural Clusia schomburgkiana con 3,93 t/0,1 ha y 1,96 t/0,1 ha y Quercus humboldtii con valores de 3,09 t/0,1 ha y 1,55 t/ 0,1 ha, poseen los valores mas altos de biomasa y carbono respectivamente; aportando en su conjunto el 48,4% del total. Estos resultados se relacionan con valores altos de area basal y la presencia de individuos de gran porte en las categorias diametricas mayores. Los valores mas bajos lo obtuvieron las especies Neea cf. floribunda con 0,55 t/0,1 ha y 0,28 t/ 0,1 ha (3,8%) y Cyathea caracasana con 0,001 t/0,1 ha y 0,001 t/0,1 ha (0,1%) de biomasa y carbono respectivamente. Para los bosques plantados se encontro que Lafoensia acuminata con 38,20 t ha -1 y 19,0 t ha -1 y Quercus humboldtii con valores de 25,80 t ha -1 y 13,0 t ha -1 poseen los valores mas altos de biomasa y carbono respectivamente. Trichanthera gigantea con valores de biomasa de 5,60 t ha -1 y carbono de 2,80 t ha -1 fue la especie que menores valores de biomasa y carbono registro. Los resultados obtenidos en esta investigacion son de especial relevancia, al proporcionar una base solida de las existencias de biomasa aerea y carbono retenido en un area especifica del pais que cuenta con pocos estudios de este tipo.