El presente trabajo parte de la necesidad de realizar procesos de gerencia en proyectos de Investigacion y Desarrollo a traves de una gerencia flexible que tenga en cuenta los entornos cambiantes de este tipo de proyectos buscando mejorar los procesos de gestion y utilizacion de recursos, asi como el cumplimiento del alcance, los objetivos, el tiempo y el presupuesto planteados. Se seleccionaron tres metodologias agiles Scrum, Lean agile y Kanban, de las cuales se escogieron 13 herramientas y tecnicas que fueran aplicables a los proyectos de Investigacion y Desarrollo, para ser utilizadas en los procesos de gerenciales. De los dos grupos poblacionales entrevistados (Investigadores lideres de proyectos de CorpoGen como caso de estudio, e investigadores lideres de proyectos de centros externos – nacionales e internacionales) fue posible identificar que es necesario fortalecer todas las fases del proceso gerencial. Adicionalmente se determino que era necesario incorporar la fase de formulacion del proyecto, ya que realizar una mejor definicion de actividades, cronograma y presupuesto desde esta fase facilita los procesos de gerencia, y que la planeacion detallada se pueda hacer por ciclos cortos, teniendo en cuenta su complejidad y variacion, utilizando herramientas y tecnicas de las metodologias agiles. Asi mismo mejorar los procesos de seguimiento y control para optimizar la ejecucion y la toma de decisiones a tiempo, que permitan cumplir con objetivos, tiempo y presupuesto. Con la caracterizacion y las herramienta seleccionadas se diseno una guia metodologica interactiva basada en una combinacion de herramientas y tecnicas de las metodologias de gerencia agil y de la gerencia tradicional de proyectos, que brinda la flexibilidad requerida en el manejo de los constantes cambios que se presentan en el entorno investigativo, teniendo en cuenta los procesos gerenciales desde inicio hasta cierre y adicionalmente considera el fortalecimiento de la formulacion del proyecto dentro del ciclo de vida, buscando optimizar los procesos gerenciales posteriores. Plantea valores y principios para su uso, y un ciclo de vida de los proyectos de Investigacion y Desarrollo que comprende cuatro fases: Formulacion, Plan-in, Ejecucion agil que contiene los ciclos iterativos (definicion, accion, reflexion) y validacion y Cierre. Esta dirigida principalmente a investigadores lideres de proyectos, pero su uso puede ser de gran utilidad a los demas miembros involucrados en los procesos gerenciales, como son las areas administrativas y los gestores o gerentes de proyectos. Tiene descripciones, ejemplos y sugerencias para la realizacion de las actividades, incluye algunas plantillas y formatos que se proponen como modelo para que sean adaptados, ajustados y modificados segun las necesidades particulares del proyecto, las consideraciones y experiencia de los investigadores de otras areas involucradas y del gestor de proyectos, asi como tambien a los lineamientos y directrices organizacionales. Se realizo un proceso de validacion de la guia con investigadores lideres de proyectos de CorpoGen, externos y un experto en metodologias agiles, en su mayoria las recomendaciones fueron de forma con una percepcion positiva.