El objetivo del presente estudio fue determinar la presencia o ausencia de hallazgos histopatologicos e histoquimicos en organos blanco (rinon, pulmon, higado) en la especie Cavia porcellus positivos a Leptospira interrogans mediante la reaccion en cadena de la polimerasa (PCR) provenientes de lugares de abasto en el municipio de Pasto. Se tomo 4 bloques de parafina correspondientes a los individuos positivos a PCR, y se realizo una evaluacion microscopica mediante la tecnica de hematoxilina-eosina y la tincion especial de plata (Warthin Starry) estableciendo el tipo de trastorno, patron de distribucion y severidad de las lesiones presentes, y la presencia o no de leptospiras en tubulos contorneados. En la totalidad de los casos tuvieron una glomerulonefritis intersticial linfoplasmocitaria, 3 de los 4 casos se presento una neumonia linfocitica intersticial y 2 de 4 casos desarrollo una hepatitis periportal linfocitica; en contraste, solo en uno de los casos en estudio se pudo identificar el agente mediante la tincion especial de plata. Los resultados de la investigacion son los primeros en mostrar evidencia de la presencia de Leptospira interrogans y los disturbios microscopicos ocasionados en cuyes destinados a consumo humano en el municipio de Pasto.