Resumen Introduccion: La enfermedad diarreica aguda continua siendo una de las primeras causas de morbilidad y mortalidad en menores de cinco anos. El objetivo de este estudio fue determinar la prevalencia de los agentes patogenos comunes asociados con enfermedad diarreica aguda en ninos menores de cinco anos atendidos en los servicios de urgencias de instituciones de salud de Bucaramanga Materiales y metodos Estudio descriptivo transversal con recoleccion prospectiva. Las muestras se recolectaron aleatoriamente durante los turnos de manana, tarde y noche; a cada muestra se le realizo diagnostico para rotavirus Salmonella spp, Shigella spp, parasitos y coccidias. Resultados Se estudiaron 180 menores de cinco anos con una mediana de edad de 12 meses. El 44,4% (IC 95% 37,1-52,0) de los episodios de diarrea fue causada por rotavirus. En el 8,9% (IC 95% 5,2-14,0) de los casos se encontro Blastocystis hominis, 7,8% (IC 95% 4,3-12,8) Giardia duodenalis, 7,8% (IC 95% 4,3-12,8) Salmonella spp, 5,0% (IC 95% 2,3-9,3) Entamoeba histolytica dispar, 2,8% (IC 95% IC 95% 2,3-9,3) Entamoeba histolytica dispar, 2,8% (IC 95% 0,9-6,4) Shigella spp, 2,8% (IC 95% 0,9-6,4) Entamoeba histolytica mas Blastocystis hominis, 0,6 % (IC 95% 0,0-3,1) Giardia duodenalis mas Entamoeba histolytica, y 0,6% (IC 95% 0,0-3,1) rotavirus mas Blastocystis hominis. En el 19,4% de los ninos no se encontro ningun microorganismo porlos metodos utilizados en el estudio. Conclusion: Rotavirus tiene un importante papel en el municipio de Bucaramanga como principal agente patogeno asilado asociado con enfermedad diarreica aguda en ninos menores de cinco anos. [ Uribe Yepes MA, Rodriguez Villamizar LA, Gomez Gonzalez YA, Olaya Gamboa LE, Rodriguez Santamaria SM.Aislamientos de patogenos comunes asociados con enfermedad diarreica aguda en menores de cinco anos, Bucaramanga, Colombia. MedUNAB 2009; 12:74-79]. Palabras clave: Diarrea, Nino, Rotavirus, Parasitos Bacterias.