El 35% de la leche generada en el Ecuador es destinada a la industria quesera artesanal. Las actividadesmanufactureras se realizan con frecuencia en areas rurales, donde las condiciones higienico-sanitariascarecen de los controles requeridos para asegurar la obtencion de productos de calidad comercial.En el presente trabajo se ha evaluado la calidad microbiologica de diversas queserias artesanales deRiobamba (Ecuador), a nivel de instalaciones y operarios. En forma paralela, en estas instalaciones se haestudiado el grado de cumplimiento de las Buenas Practicas de Manufactura (BPM), para ello se harecurrido a un listado de puntos de control que considera una serie de factores que podrian potenciar elriesgo de contaminacion microbiana. La determinacion de la calidad microbiologica se realizo mediantevarios metodos descritos en la normativa nacional para Staphylococcus aureus, Coliformes totales,Enterobacterias y Listeria spp.Los resultados obtenidos informan de un importante deficit en las BPM. El 77% de las empresas no llegarona superar el 40% de los criterios sometidos a consideracion. En terminos de calidad microbiologica, losniveles de Staphylococcus aureus, Coliformes totales, Enterobacterias y Listeria spp superaron, en todos loscasos, a los valores nacionales de referencia que aseguran la calidad alimentaria de los quesos fabricados.Palabras clave: Staphylococcus aureus, coliformes totales, enterobacterias, Listeria spp., queso artesanal,salud publica, buenas practicas de manufactura