El presente trabajo pretende compartir la experiencia colombiana con relacion a la financiacion de las instituciones de educacion superior (Universidades) y sus implicaciones en cuanto a la gobernabilidad de las mismas para el cumplimiento eficaz de su mision, dada su naturaleza de bien publico al servicio del desarrollo territorial. Se parte de una descripcion de la actual estructura de financiacion de las instituciones de educacion superior en Colombia, su caracterizacion, mecanismos de financiacion, fuentes de ingresos y gastos, e impacto, teniendo en cuenta resultados en calidad, investigacion (investigadores, grupos, publicaciones, proyectos), progreso social y competitividad,Indice de desarrollo humano e Indice Global de Competitividad, con cifras y datos del Sistema Nacional de Informacion de la Educacion Superior-SNIES del Ministerio de Educacion Nacional, Colciencias, DANE, Consejo Privado de Competitividad, Colombia Compra Eficiente, el Observatorio Colombiano de Ciencia y Tecnologia (OCYT),y la Red de Indicadores de Ciencia y Tecnologia Iberoamericana e Interamericana (RICYT) , el Indice de Progreso Social “IPS”, publicado anualmente por el Social Progress Imperative y el Indice Competitividad Global desarrollado por el Foro Economico Mundial. PNUD, IndiceGobal de Competitividad. Con base en lo anterior, se analizan algunos de los problemas nodales a que se enfrenta el modelo actual de financiacion de las instituciones de educacion superior en Colombia, especialmente las publicas, que ayudan a explicar, desde la financiacion y la autonomia, la fragilidad del sistema impidiendoles asumir a plenitud el rol de liderazgo que les compete para la transformacion de las regiones y la nacion.