El artículo analiza la dinámica de la ciencia, tecnología e innovación (CTeI) en Colombia y Venezuela desde el rol de los observatorios de CTeI. Se revisó bibliografía de las diferentes justificaciones de la CTeI de algunos países (USA, Brasil) y documentos de los observatorios. Los resultados presentan diferencias en la naturaleza jurídica, la concepción estratégica y operativa. En Colombia el observatorio se sustenta en un grupo de investigación, y en Venezuela, es una entidad de administración de CTeI estatal.