La antracnosis, causada por Colletotrichum spp, es la enfermedad mas importante de las que afectan la fruticultura a nivel mundial y nacional, debido a la severidad de los danos que ocasiona, la magnitud de las perdidas generadas tanto en produccion como en calidad de la cosecha y la dificultad que se presenta para su control. La demanda de alternativas para su manejo ha creado la necesidad de realizar estudios basicos orientados hacia el diagnostico y caracterizacion del patogeno porque la identificacion correcta de un organismo permite conocer los patrones de comportamiento de la especie o del grupo taxonomico y facilita el desarrollo de alternativas tecnologicas para la estructuracion de planes de manejo de la enfermedad. En este trabajo se realizo la caracterizacion molecular y patogenica de Colletotrichum spp. en cultivos de tomate de arbol del Valle de Sibundoy (Putumayo) y del departamento de Narino, mediante el analisis de la region ITS (Internal Transcribed Spacer), la aplicacion del marcador RAPD y la evaluacion del grado de reaccion de frutos de algunos genotipos seleccionados de Cyphomandra betacea contra aislamientos representativos de las poblaciones de Colletotrichum spp. Se encontro que la especie de Colletotrichum que ataca los cultivos de tomate de arbol en los dos departamentos es Colletotrichum acutatum, y que esta presenta un elevado porcentaje de polimorfismo, determinandose que ningun aislamiento de los evaluados es geneticamente identico a otro. El analisis de diversidad genetica a partir de los datos moleculares muestran que C. acutatum es un patogeno altamente variable genotipicamente. Mediante una AMOVA se determino que el 95.77% de la diversidad genetica se atribuye a la variacion dentro de las dos poblaciones estudiadas en comparacion con el 4.23% de variacion entre las dos regiones de estudio (Narino y Putumayo). En cuanto al analisis de patogenicidad, se observo ninguna diferencia en el grado de reaccion de los genotipos en los dos estados fenologicos evaluados frente a la infeccion y se establecio que los aislamientos mas agresivos son los provenientes del municipio de Santiago (Putumayo) y los menos agresivos los de Sibundoy (Putumayo) y Buesaco (Narino).