Las microalgas poseen atributos para la bioindicacion, el estudio de algas perifiticas en ecosistemas fluviales tropicales, es de vital importancia ya que permite interpretar la dinamica de estos ecosistemas con importancia ecologica y con vocacion para ofrecer servicios de abastecimiento. Para este estudio se seleccionaron tributarios de la cuenca media del rio Gaira (SNSM), se evaluo el proceso sucesional de microalgas perifiticas, siguiendo el avance de la comunidad desde enero hasta abril de 2012, mediante la metodologia de sustratos artificiales. El proposito fue analizar la variacion en la estructura de la comunidad, durante el proceso de sucesion y evaluar los factores ambientales que determinan esta variacion en un rio tropical. Los resultados destacan caudal, luz y oxigeno disuelto los cuales presentaron los valores mas altos para el tributario C (Jabali); el pH fue ligeramente basico para todos los sitios, la temperatura y conductividad presentaron valores mas altos en el tributario A (Honduras). Durante las primeras semanas de exposicion del sustrato Melosira varians y Lyngbya sp. fueron dominantes para los tributarios A y B (La Picua), mientras que para el tributario C lo fueron Fragilaria sp., Nitzschia sp. y Melosira varians. Despues de la cuarta semana de colecta se registraron los mayores valores de diversidad y riqueza de especies. Fueron mas notorios los cambios en densidad que en composicion de especies, a pesar de esto el proceso de sucesion fue completo y se evidencio la presencia de especies pioneras (Lyngbya sp., Nitzschia sp.), intermedias (Melosira varians, Cocconeis placentula) y tardias (Surirella sp.).