Debido a las diferencias entre los combustibles diesel y biodiesel en cuanto a estructura quimica, se derivan diferencias entre las propiedades fisicas de estos, afectando con ello el proceso de combustion en el motor. En este trabajo se aplica un modelo de diagnostico del proceso de combustion a un motor diesel de automocion turboalimentado operando con biodiesel puro, diesel convencional (acpm) y mezclas al 20 y 50% en volumen (B20 y B50 respectivamente), operando a la misma potencia para estudiar solo el efecto del combustible, las pruebas se realizaron sin ninguna modificacion en el motor ni en el sistema de inyeccion de combustible. En el estudio experimental y de diagnostico se observo que a medida que aumentaba la concentracion de biodiesel en la mezcla se obtuvo una ligera reduccion de la relacion combustible/aire (0.39 para B0, y 0.37 para B100), en el avance de la inyeccion y en el inicio de la combustion. Ademas disminuyeron la eficiencia termica efectiva, la duracion de la combustion, la temperatura media maxima en el interior del cilindro, la temperatura de los gases a la salida de la valvula de escape y la eficiencia de los gases de escape; mientras que la presion maxima, la tasa de exergia destruida y el consumo especifico de combustible aumentaron.