Durante octubre a diciembre de 2013 se determino el estado actual de la calidad de agua en los rios Copiapo y Huasco de la Region de Atacama y los rios Limari, Elqui y Choapa de la Region de Coquimbo en Chile, utilizando macroinvertebrados como indicadores de calidad del agua los cuales se colectaron e identificaron hasta familia mediante las claves dicotomicas de Roldan 1996 y Fernandez y Dominguez 2001; se determino el Indice Biotico de Familia y el Indice chSIGNAL, la diversidad de Shannon (H´), equitatividad de Pielou (J´) y el indice de similitud de Bray Curtis; se midio el oxigeno disuelto (OD), Temperatura (T°), Conductividad electrica (EC) y pH. Para relacionar estas variables se utilizo el analisis de componentes principales y analisis de correspondencia canonica. Se obtuvo 47 familias de macroinvertebrados, con un total de 9.850 individuos;el rio Huasco fue el mas abundante con un 48,38%, seguido de los rios Limari con 17,28%, Choapa con 17,01%, Copiapo con 9,25% y Elqui con 8,09%. Las familias mas representativas fueron Hidrobiidae con una abundancia de 0,24, Physidae (0,16), Baetidae (0,12), Cyprididae (0,11), Elmidae (0,066) e Hydropsychidae (0,061). Los rios Limari y Elqui presentaron la diversidad mas alta (H’=1,12 y H’=1,09), seguidos de los rios Choapa y Copiapo con (H’=0,85) y El rio Huasco con (H’=0,83). En equitatividad de Pielou (J’) los rios Elqui y Limari con (J’= 0,79 y J’= 0,75), Copiapo (J’= 0,74), Huasco (J’= 0.60) y Choapa (J’= 0.68) cuyos valores fueron menores. El indice de Bray-Curtis demostro disimilitud de los rios entre las dos regiones. El IBF para Limari y Huasco reflejo una calidad de agua excelente, con 3,31 y 3,25, mientras que Elqui (3,84) y Copiapo (3,95) con una calidad de agua muy buena, por ultimo el rio Choapa con 4,49 con una buena calidad. El indice Signal determino que los cinco rios presentaron una calidad de agua mala, muy perturbada con 4,50 para Choapa, 4,10 para Limari, 4,50 en Elqui y 4,08 y 4,8 para Huasco y Copiapo. La correlacion de Spearman demostro una relacion inversa entre la temperatura, Conductividad electrica y pH con respecto al IBF con valores de - 0,81, -0,76 y -0,57 respectivamente y estos dos ultimos parametros se relacionaron tambien con la temperatura , la Equitatividad de Pielou (J = 0,64) y el oxigeno (OD = 0,58) presentando una relacion positiva con la diversidad de Shannon y este ultimo tambien se relaciono con J’ cuyo valor fue de 0,53. El analisis de componentes principales (ACP) determino que la conductividad y la abundancia en el primer y segundo componente son las variables de mayor influencia de las cuencas y al relacionar la comunidad de macroinvertebrados, con los parametros fisicoquimicos, indices bioticos y parametros comunitarios a traves del analisis de Correspondencia Canonica (ACC), se observo que la equitatividad de Pielou (J), el oxigeno y el pH son los que regulan la composicion y distribucion de los macroinvertebrados bentonicos en las cinco cuencas de estudio.