El objetivo general de este estudio fue el de identificar la composicion de la diversidad microbiana de tres manantiales salinos ubicados en el sistema montanoso de los Andes colombianos (Departamentos de Risaralda y Boyaca). Para la realizacion de este trabajo, se seleccionaron dos manantiales salinos ubicados en la Cordillera Central (Salado de Consota y La Cristalina) y uno ubicado en la Cordillera Oriental (Salpa). El manantial Salado de Consota se caracteriza por sus hallazgos arqueologicos, su alta salinidad, pH cercanamente neutro, oscilando entre 6,7 y 7,4, alto contenido de calcio, cloruros y sulfatos, mientras que el manantial La Cristalina (Arabia) tiene un pH alcalino cercano a 8,5, un menor contenido de calcio, pero tambien valores altos de sulfatos y cloruros. El manantial salino Salpa, cuya composicion quimica se caracteriza por la alta concentracion de sulfato es usado actualmente para la produccion comercial de Na2SO4. Los resultados obtenidos muestran que estos habitat son altamente diversos y que aun queda mucho por conocer sobre su diversidad, sin embargo, es evidente que la composicion microbiana es dominada por organismos de la clase alfa y gamma proteobacteria.