El género Allium se encuentra conformado por especies vegetales de gran importancia comercial y para la alimentación a nivel nacional y mundial. Especies como A. fistulosum, A. sativum, A. cepa y A. ampeloprasum representan renglones principales de la economía de países como China, Japón y Estados Unidos. En Colombia existen regiones como Boyacá, Cundinamarca y Antioquia entre otras, con una alta vocación y aprovechamiento de estas especies, Por lo tanto la realización de estudios de este género, se presentan como punto de partida para la constitución de estrategias de conservación de los recursos genéticos y para la preservación y desarrollo de especies vegetales de interés para la alimentación mundial, de tal manera que sea posible garantizar la sostenibilidad agrícola en actividades que involucran especies de significativo valor. De dicha preocupación surge el presente estudio, cuyo objetivo es realizar la caracterización genética y de componentes principales de especies de importancia comercial del género Allium, presentes en zonas productivas de seis departamentos de Colombia, bajo el uso de 15 marcadores moleculares denominados “microsatélites”, específicos de la especie Allium fistulosum, los cuales presentaron alta transferibilidad interespecífica. Como resultado fue posible evidenciar la similitud y diversidad genética del género dependiendo del centro procedencia. La medición de componentes principales sirvió como complemento para la caracterización del material colectado en los departamentos de Risaralda, Antioquia, Quindío, Huila, Boyacá y Cundinamarca.