El objetivo de este documento es explorar la perspectiva de la autonomia universitaria a la luz de los fines y particularidad de la universidad. La autonomia universitaria es un asunto que, desde variadas perspectivas, es determinante en la manera en que se comprende, realiza y proyecta el quehacer educativo. Esta determinada por el contexto socio-cultural y politico en que se pretende llevar a cabo; actualmente, las condiciones impuestas por el modelo economico capitalista hacen que su relacion con la libertad sea paradojica: centrada en la limitacion y negacion, la libertad de unos esta vinculada con la no-libertad de otros. La autonomia esta en intima relacion con el entorno social, politico y economico, expresa una manera de estar en el mundo, responde a una etica basada en principios y a una perspectiva de organizacion politica; se concreta en maneras de participacion social y educativa directa y decisoria. La crisis de la autonomia tambien se comunica con el ambito de la salud, donde la definicion del conocimiento, de las practicas, de los principios eticos y de las relaciones interpersonales se han ido centrando en el logro de los fines e intereses particulares; las ciencias de la salud estan participando de la dinamica de organizacion de la vida desde los valores morales y principios eticos del liberalismo, el individualismo y la ganancia. Explorar alternativas para la construccion de la autonomia universitaria implica adentrarse en el reconocimiento y puesta en practica de una formacion desde el humanismo y poner en cuestion la excelencia academica que esta de espalda a la realidad de las comunidades y realidades latinoamericanas.