Introduccion: Toxoplasma gondii es un parasito intracelular con distribucion mundial causante de la Toxoplasmosis. Analisis moleculares han revelado que posee clonalidad marcada en Norte Amerca y Europa donde predominan los linajes predominantes son tipo I, II y III. en contraste, un patron diferente ha sido encontrado en Sur America. La secuencia B1 de Toxoplasma gondii ha sido utilizado para la deteccion de ADN del parasito. El objetivo del presente trabajo fue hacer un analisis filogenetico a partir de secuencias B1 obtenidas por PCR anidada en muestras de heces de gatos. Materiales y Metodos: Se recolectaron 21 muestras fecales de gatos domesticos. Se realizo extraccion de ADN y se amplifico la secuencia B1 PCR anidada. Los productos fueron secuenciados y se alinearon con secuencias del GenBank utilizando la rutina einsi en MAFFT. Se eligio el modelo de acuerdo al Criterio de Informacion Bayesiano (BIC) y la reconstruccion filogenetica se realizo con inferencia bayesiana utilizando MrBayes 3. Resultados: 7 muestras positivas y secuenciadas fueron alineadas junto a 76 secuencias obtenidas del GenBank. Luego, el modelo de sustitucion elegido por el BIC fue HKY+G, a partir del cual se obtuvo un arbol y.- 3 grupos fueron obtenidos que se soportan con valores estadisticos totales (PP: 1). Discusion: Nuestros resultados revelaron la existencia de clados con distancias geneticas intraespecificas bajas y la ausencia de una estructura geografica. Mientras que las secuencias suramericanas formaron una region geografica aislada. Sin embargo, para obtener la circulacion de genotipos especificos, se necesitaria de analisis multilocus.