El tomate de arbol Solanum betaceum es uno de los principales productos agricolas del Valle de Sibundoy y de algunos municipios del departamento de Narino, y una de las enfermedades mas limitantes en su produccion es la gota o tizon tardio causado por el oomicete Phytophthora infestans (Mont.) de Bary. En este estudio se realizo la caracterizacion genetica de dos poblaciones de P. infestans, procedentes de las zonas del Valle de Sibundoy y del departamento de Narino, cada poblacion con 15 aislamientos obtenidos de cultivos de S. betaceum, utilizando marcadores microsatelites (SSR) segun la metodologia de Knapova y Gisi, (2002) y Lees et al., (2006). Para la evaluacion de la variabilidad genetica se realizo la extraccion de ADN a partir de micelio seco con 10 dias de crecimiento en caldo arveja, y se realizo una amplificacion con las secuencias de primers SSR Pi63, Pi66, G11, 1F, 4B y 2D (Knapova y Gisi, 2002 y Lees et al., 2006), las cuales fueron reveladas en un gel de poliacrilamida al 6 %. Los resultados de esta caracterizacion revelaron la presencia de 24 alelos en las poblaciones y mas de dos alelos por locus, presentando un 100 % de polimorfismo, a su vez el analisis de varianza molecular (AMOVA) demostro que la variacion intrapoblacional es del 84 % y la interpoblacional del 16 %, concluyendo que hay un nivel considerable de variabilidad genetica en las dos poblaciones a pesar de ser patogenos con reproduccion asexual, por lo cual se considera la recombinacion mitotica y las mutaciones como la causa de dicha variabiidad. Asi mismo el analisis de agrupamiento distribuyo los 30 aislamientos en tres grupos en donde los aislamientos contenidos en cada uno comparten valores de similitud mayores a 0.90, y al relacionarlos con su distribucion en el mapa se observo cierta sub- estructuracion geografica de las poblaciones estudiadas la cual no se ha reportado antes