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Autor

Algoritmo basado en colonias de hormigas para biclustering de microarreglos de ADN

Acceso Cerrado
ID Minciencias: TD-0000249106-135
Ranking: TD-TD_A

Abstract:

Los microarreglos de ADN contienen informacion de los niveles de expresion de miles de genes bajo multiples condiciones experimentales. Una de las tecnicas de analisis de datos empleadas en los microarreglos es el biclustering, que ayuda a identificar patrones locales de los datos. La busqueda de biclusters es un problema complejo, que ha sido tratado desde multiples enfoques. El presente trabajo, propone un algoritmo basado en colonias de hormigas para la busqueda de biclusters con evolucion coherente en microarreglos de ADN. El algoritmo propuesto emplea k colonias de hormigas, cada una de las cuales busca el bicluster que mejor se ajuste al patron formado por una fila de referencia seleccionada aleatoriamente. En cada colonia, n hormigas construyen los biclusters, partiendo de la matriz completa y eliminando una fila o columna en cada iteracion, hasta lograr el Residuo Cuadratico Medio Escalado (SMSR) definido o alcanzar el minimo numero de filas o columnas establecido. El algoritmo fue probado sobre un conjunto de datos artificiales y dos conjuntos de datos reales. El promedio del Residuo Cuadratico Medio de los biclusters hallados por el algoritmo propuesto resulto ser menor que el alcanzado en otros algoritmos; dando muestra de su efectividad.

Tópico:

Gene expression and cancer classification

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Scienti ID0000249106-135Minciencias IDTD-0000249106-135Openalex URLhttps://openalex.org/W2576060058
Tesis de posgrado