Existe actualmente a nivel mundial una fuerte tendencia hacia el desarrollo de un tipo de biocombustibles denominados de tercera generación, los cuales se obtienen mediante métodos de producción similares a los empleados en el desarrollo de biocombustibles de primera y segunda generación, pero aplicados a cultivos bioenergéticos específicamente diseñados o adaptados para mejorar la conversión de biomasa a biocombustible. Dentro de éstos, se destaca el cultivo de diferentes especies de microalgas, cuyo aceite puede ser utilizado como materia prima en la producción de biodiesel. Este artículo presenta una metodología de transesterificación de una mezcla de aceites vegetales cuya composición de ácidos grasos se aproxima a la del aceite de Chlorella Vulgaris, propuesta por los autores en el marco de proyectos apoyados por el Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural, conjuntamente con la Corporación Instituto de Morrosquillo, el Instituto Colombiano del Petróleo ICP-ECOPETROL, la Universidad Industrial de Santander UIS y el Programa Iberoamericano de Ciencia y Tecnología para el Desarrollo CYTED.