En la Quebrada Cajones del municipio de Montenegro – Quindio se realizo un estudio sobre macroinvertebrados y algas perifiticas. Para ello, se tomaron muestras en sustratos rocoso (epilitico) y vegetal (epifitico) y tambien muestras de agua para las variables fisico-quimicas. Se proceso la informacion aplicando estadisticos descriptivos e indices ecologicos alfa (Pielou, Margalef, Simpson y Shannon) y beta (Jaccard) y los indices bioticos (BMWP/Col y ASPT).Para los macroinvertebrados se colectaron 12.451 especimenes, distribuidos en cinco clases, 11 ordenes y 27 familias; la clase mejor representada fue Insecta con 7 ordenes de los cuales el Diptera fue la mas abundante con un 39.9%y la familia Chironomidae presento una dominancia significativa. La diversidad alfa y beta y los indices bioticos permiten establecer que la parte alta de la microcuenca registro baja uniformidad y dominancia con valores significativos en riqueza y aguas muy limpias; la parte media presento baja dominancia, diversidad media y aguas levemente contaminadas y la parte baja presento una baja diversidad, mayor abundancia con aguas levemente contaminadas. Por su parte, la comunidad de fitoperifiton estuvo representada por cuatro divisiones, 12 ordenes, 18 familias y 25 generos; la division mas representativa fue Bacillariophyta con 7 familias, 13 generos y 72.8% de abundancia relativa; el sustrato epifitico presento la menor abundancia y la mayor riqueza de taxa. Los resultados evidencian que esta quebrada pequena es un importante reservorio de biodiversidad y su drenaje aporta adinamicas y procesos ecologicos de la red hidrica local y regional.