La intervencion al ambiente ha ocasionado desplazamiento de algunas especies de murcielagos a las ciudades, convirtiendose en factor de riesgo para transmision del virus rabia al hombre y animales. Objetivo identificar especies de murcielagos caseros con rabia, identificar variantes de virus rabicos circulantes y su asociacion con especies de murcielagos que comparten un mismo refugio. Metodologia Se realizaron capturas con redes de niebla en diferentes ambientes tomando los datos de quejas por mordedura en personas o animales y la presencia de murcielagos en edificaciones, registradas. El diagnostico de rabia se realizo por inmunofluorescencia directa e inoculacion en ratones, y la tipificacion viral por inmunofluorescencia indirecta usando anticuerpos monoclonales. Resultados Se encontraron asociaciones entre virus rabicos V3(vampiro) y V4(Tadarida) en murcielagos caseros Molossus molossus y Eptesicus brasiliensis que estaban compartiendo nicho y adicional se encontraron otras especies de murcielagos compartiendo refugios en casas y cuevas: Myotis nigricas, Saccopteryx bilineata, Carollia perspicillata, Glossophaga soricina, Noctilio albiventris y Desmodus rotundus. Conclusiones La dispersion y prevalencia de V3-V4 en murcielagos de habitos caseros en Colombia, son influenciadas por la deforestacion y arquitectura urbana que provee refugios, contribuyendo al contacto corporal entre especies al compartir estos. Este estudio ha aportado al programa de vigilancia epidemiologica de rabia a nivel nacional datos sobre los factores de riesgo que pueden desencadenar brotes de rabia urbana por murcielagos ya que estos son reservorios importantes del virus, por lo tanto se recomienda continuar estudiando su comportamiento en areas urbanas (edificaciones-parques) y rurales (cuevas - casas) de Colombia.