Se estudio la composicion y estructura de la comunidad de microalgas perifiticas del rio Quindio, en el periodo comprendido entre febrero y junio de 2009. Para ello, se dividio el rio en 3 tramos: alto, medio y bajo, estableciendose 3 sitios de muestreo por cada tramo. En cada sitio se colectaron muestras de agua para analisis de algunos parametros fisico-quimicos y de fitoperifiton en sustratos rocoso (epilitico) y vegetal (epifitico). De acuerdo a los resultados la composicion taXonomica del fitoperifiton en el rio Quindio corresponde a: 4 divisiones, 4 clases, 8 ordenes, 4 subordenes, 18 familias y 27generos. La division Bacillariophyta presento la mayor riqueza de taXa con 12 generos y la mayor abundancia con 96.6%. Los valores de diversidad (H') fueron: tramo alto de 0.71, tramo medio de 0.81, y el tramo bajo de 0,39. La composicion y estructura de las microalgas perifiticas en el rio Quindio fue relativamente homogenea, solo se aprecia una leve diferencia entre los tramos, siendo el sitio 5 (La Maria) el que presento los valores mas altos de Riqueza y diversidad. Con base en el ANOVA se presentaron diferencias significativas entre los tipos de sustrato para los indices de diversidad (H’) y riqueza (P<0.01 y P<0.02) respectivamente; donde el sustrato epifitico presento la mayor diversidad y riqueza, y el sustrato epilitico la mayor abundancia.