El ecosistema acuatico es variable y los organismos que lo habitan pueden estar influenciados por estos factores. Conocer los requerimientos ecologicos de cada grupo en particular permitira tener una mirada holistica al estado del cuerpo de agua, lo que motivo que el presente estudio estuviera encaminado a determinar la calidad del agua del rio Alvarado a partir de la composicion y estructura de la familia Baetidae (ephemeroptera: insecta) teniendo en cuenta diferentes sustratos (arena, grava/guijarro, hojarasca, roca) y sus posibles relaciones con algunos parametros fisicoquimicos. Se colectaron 1171 organismos distribuidos en ocho generos Americabaetis, Baetodes, Camelobaetidius, Cloeodes, Guajirolus, Nanomis, Paracloeodes y Varipes registrandose la mayor densidad de organismos en la estacion E8. En cuanto a los sustratos evaluados no se encontraron diferencias estadisticamente significativas (ANOSIM, R = 0,02138; P > 0,05), sin embargo roca reporto la mayor cantidad y diversidad de baetidos. La abundancia y presencia de los generos Baetodes, Guajirolus, Cloeodes y Americabaetis se relaciono con el caudal y a variables fisicoquimicas asociadas a procesos de mineralizacion. Las estaciones E1 y E2 presentaron las mejores condiciones de habitat para estos organismos tal como se evidencia en los altos valores de riqueza y diversidad.