Este articulo trata temas relacionados a la optimizacion de reactores anaerobicos de flujo vertical ascendente para la remocion de materia organica en aguas residuales, las cuales son tratadas para la disposicion en un efluente (rio, laguna o mar) con el minimo de solutos, con la ventaja de poder aumentar la demanda quimica y bioquimica de oxigeno necesario para la vida. Una de las mas comunes formas para tratar agua residuales es a traves de reactores anaerobicos, que consiste en la alimentacion de bacterias dentro de un lodo, las cuales se encargan de digerir la materia organica y convertirla en gas metano. El grado de conversion de materia organica en gas metano o grado de remocion de materia organica, es la medida que determina la eficiencia del reactor. Este parametro puede ser optimizado controlando variables criticas como la temperatura del reactor y el potencial de hidrogenacion (pH) de las aguas residuales de entrada. Los actuadores son resistencias electricas y dosificadores de sustancias basicas o acidas; el control de temperatura se hace dentro de un contenedor mediante radiacion natural, ya el pH es controlado mediante un mezclador con velocidad constante. En este trabajo fueron modelados ambos sistemas usando una tarjeta de adquisicion de datos y la herramienta de identificacion de sistemas de Matlab.