La intoxicación alimentaria es un importante problema de salud pública a nivel mundial, en la intoxicación alimentaria muchos manipuladores de alimentos pueden ser portadores sanos de cepas de S. aureus en sus fosas nasales o en sus manos, estos son considerados como una de las principales fuentes de contaminación en alimentos, a través del contacto manual o mediante las secreciones respiratorias. El propósito del presente estudio fue detectar los genes que codifican los superantígenos en S. aureus aislados de madres comunitarias del Instituto Colombiano de Bienestar Familiar de Pereira (ICBF) Seccional Risaralda. Se tomaron 406 muestras en fosas nasales y manos de las madres comunitarias. El aislamiento se realizó por métodos microbiológicos y la confirmación por métodos microbiológicos y moleculares. Se obtuvieron 95 aislamientos de S. aureus. A los aislamientos se les determinó el perfil de susceptibilidad antimicrobiana por sistema microbiológico automatizado. La detección de los genes de enterotoxinas clásicas (SEA a SEE), toxinas exfoliativas (ETA y ETB) y la toxina del síndrome de choque tóxico – 1 (TSST-1), se realizó por medio de la reacción en cadena de la polimerasa única y/o múltiple.