Son escasos los estudios a nivel de complejos de humedales en la cuenca alta del río Otún. Por tanto, esta investigación es un aporte al conocimiento desde la perspectiva socioecológica de estos sistemas altamente complejos y vulnerables, pero que conservan la capacidad de absorber perturbaciones sin perder su identidad básica. El propósito de esta investigación fue conocer y evaluar el estado ecológico del complejo de humedales de la microcuenca Dalí, así como reconocer la importancia socioecológica de este territorio, a través de un análisis de saberes, conocimientos y percepciones ambientales de algunos actores locales y regionales de la cuenca del río Otún. Se recolectó información de la comunidad acuática bioindicadora, los macroinvertebrados acuáticos y se logró un inventario de otros grupos de fauna y flora acuática, esto durante los años 2012 y 2013. Se evaluaron humedales tipo pantano arbustivo, así como de tipo fluvial. Se estableció un protocolo de muestreo que permitió obtener datos cualitativos y cuantitativos, con el fin de explicar los procesos funcionales y su estado ecológico.