RESUMEN El objetivo de este estudio fue analizar las rutas metabolicas para la produccion desolventes y degradacion de celulosa en cepas colombianas promisorias del genero Clostridium . Para ello se disenaron sondas de hibridacion que sirvieran para posterioresestudios de mejoramiento genetico de las cepas. Se construyo la base de datos denomi-nada MULTI-CLOST en Microsoft Access® con las secuencias de 485 genes involucra-dos en las rutas metabolicas arriba mencionadas, provenientes de 45 especies bacteria-nas y 10 especies fungicas. Los genes fueron agrupados de acuerdo al tipo de enzima ya los dominios cataliticos o de union a sustrato en el caso de las celulasas. Cada grupose sometio a alineamiento multiple en ClustalW 1.83 y con base en los resultados secrearon subgrupos de similitud mayor al 50%. Se localizaron secuencias conservadas delongitud mayor a 19 nucleotidos en GeneDoc 2.6.002 y sus valores termodinamicosfueron estimados con GeneRunner v3.05, mientras que la sensibilidad y especificidadfue verificada por busquedas en GenBank usando BLASTN 2.2.8. En total se obtuvieron94 secuencias conservadas con las siguientes caracteristicas: longitud promedio de 24