RESUMEN Traditionally, QTL mapping has been used as methodology to understand the genetic control of polygenic traits and has been useful for identifying QTL in different species, however QTL mapping presents limitations, such as the difficulty to build segregating populations in some species, the presence of only one meiotic generation and the reduced genetically diversity derived of just two parental. Recently, association genetics studies are becoming an important methodology to identify quantitative trait loci and to find diagnostic molecular markers associated with complex traits. This methodology overcomes some barriers of QTL mapping and it is an alternative to apply in plant breeding in direct way. However, it is necessary to considerer important aspects in this methodology to avoid false associations between trait-markers. Association genetics employs as parameter linkage disequilibrium to find these associations. Here we present methods to analyze and establish population structure, factors that affect linkage di sequilibrium and how to measure it and methods to perform association mapping Tradicionalmente, el Mapeo de QTL ha sido usado como metodologia para aproximarse a la comprension del control genetico de rasgos poli genicos y ha sido util en la identificacion de QTL en diferentes especies, sin embargo presenta limitaciones como la dificultad de construir poblaciones segregantes en algunas especies, contar son solamente una generacion meiotica. y visualizar unicamente la diversidad genetica derivada de dos parentales. Recientemente, los estudios de Asociacion Genetica se han posicionado como una metodologia importante para la identificacion y localizacion de loci de rasgos cuantitativos y para encontrar marcadores moleculares diagnostico asociados con rasgos complejos. Esta metodologia resuelve algunas barreras del Mapeo de QTL y es una alternativa para aplicar en mejoramiento de plantas de manera directa. Sin embargo es necesario considerar aspectos importantes para evitar falsas asociaciones entre rasgo y marcador. En este articulo presentamos metodos para analizar y establecer la estructura poblacional, factores que afectan el desequilibrio en el ligamiento y como medirlo y metodos para realizar el mapeo por asociacion.