Actualmente la industria alimentaria presenta la tendencia de procesar alimentos utilizando almidon nativo como ingrediente y no como aditivo, debido a la exigencia del consumidor final en adquirir productos mas naturales. Por lo cual, se propuso evaluar 17 clones promisorios de papa (Solanum tuberosum L. subespecie andigena) del Programa de Mejoramiento Genetico de Papa de La Corporacion Colombiana de Investigacion Agropecuaria (CORPOICA), para determinar el comportamiento del almidon extraido segun sus caracteristicas funcionales. La experimentacion inicio con la extraccion del almidon nativo de los clones de papa, a los cuales se les caracterizo por sus propiedades funcionales de: claridad – opacidad, temperatura de gelatinizacion, poder de hinchamiento, indice de absorcion de agua (IAA), indice de solubilidad en agua (ISA) y viscosidad. En los clones evaluados, la transmitancia fue mayor del 40%, la temperatura de gelatinizacion oscilo entre 61 a 65 oC, el IAA estuvo entre 6.5 y 15.04 g gel/g muestra, el ISA presento valores de 0.74 a 5.29 g soluble/ g muestra, el Poder de Hinchamiento va de 6.58 hasta 15.45% y la viscosidad presento variacion entre los datos. Se analizaron los resultados con estadistica descriptiva, Correlacion de Pearson y analisis cluster. Los clones seleccionados por sus caracteristicas funcionales para la extraccion de almidon nativo corresponden al grupo 2 conformado por los clones: 23, 25, 27 y 31. Los cuales poseen alto contenido de almidon, alta viscosidad de la pasta, baja solubilidad, alta absorcion de agua y alto poder de hinchamiento.