Resumen Las bacterias de los generos Raoultella y Kle-bsiella son patogenos oportunistas para las cuales no existe un sistema uniforme de clasificacion taxonomica internacional. En el presente estu-dio se propone una filogenia molecular basada en el gen ribosomal 16S ( ADNr 16S ) y el gen codificante de la subunidad de la ARN polimera-sa ( rpoB ) de los generos Klebsiella y Raoultella con el fin de establecer relaciones evolutivas entre dichos generos. Los resultados evidencian una agrupacion acorde con la taxonomia y las pro-piedades bioquimicas caracteristicas, reportadas en el Genbank. Se establecio una bifurcacion en los arboles, lo cual confirma la separacion de los generos Klebsiella y Raoultella . Adicionalmente, se confirmo el caracter polifiletico de K. aerogenes por el gen ADNr 16S y la agrupacion de R. terri-gena y K. oxytoca de acuerdo con el gen rpoB .La comparacion entre los arboles obtenidos permitio determinar relaciones evolutivas entre las especies, a partir de los genes evaluados, lo cual refleja cambios aparentes a nivel taxonomico y corrobora la importancia del analisis a nivel de multilocus. Este tipo de estudios permite monito-rear la estabilidad de los genotipos microbianos