RESUMEN Con el objetivo de estimar la diversidad, la estructura y el flujo genico de trespoblaciones afrodescendientes del suroccidente colombiano (Buenaventura, Mulalo yTumaco), se analizaron los alelos revelados por ocho STR’s autosomicos en 78 indi-viduos no relacionados, mediante amplificacion por PCR y comparacion con escalerasalelicas de cada sistema corridas en geles de poliacrilamida al 8%. Los resultados secompararon con las poblaciones amerindias Awa-Kuaikier y Coyaima, y las mestizasdel Valle del Cauca y de Cauca. Se encontro que las muestras afrodescendientes y ame-rindias fueron moderadamente diversas (h entre 0,768±0,414 y 0,796±0,424), mientrasque las mestizas mostraron indices mayores (>0,803), lo que puede ser consecuenciadel mestizaje con amerindios, el cual puede explicar la alta endogamia observada paraestas. El AMOVA exhibio estructuracion moderada entre las poblaciones afrodescen-dientes (FST= 0,098; p<0,05), y alta entre los tres grupos etnicos comparados(FST=0,26723; p<0,05). Las distancias geneticas favorecieron la cercania entre Tumacoy Buenaventura, soportada por la tasa de migracion encontrada (34,298), al igual queal interior de las poblaciones amerindias y mestizas. Las diferencias observadas entreMulalo y las otras poblaciones negras quiza se expliquen porque es un aislado pobla-cional mas cerrado. El arbol NJ mostro la relacion mas cercana entre las poblacionesamerindias y mestizas, ademas del caracter ancestral de las afrodescendientes. Estosustenta la idea del flujo genetico mantenido entre las tres etnias, principalmente entre