El queso Paipa es el unico queso madurado de Colombia, elaborado principalmente en los departamentos de Boyaca y Cundinamarca. La presencia de mohos y levaduras es importante en la maduracion. Por esto se realizo el recuento e identificacion de generos de hongos que intervienen en el proceso de obtencion del queso Paipa en la fabrica de lacteos Ibel del municipio de Belen, Boyaca. Se tomaron 9 muestras en total de queso Paipa, de uno, cinco y diez dias de maduracion asi como una muestra de leche utilizada como materia prima. Las muestras fueron procesadas realizando diluciones seriadas en agua peptonada al 0.1% utilizando agar extracto de malta para mohos y agar YGC para levaduras y su posterior identificacion bioquimica. En el queso se encontraron los generos de mohos Penicillium, Geotrichum, Mucor, Cladosporium, Fusarium y Phoma y los generos de levaduras Cryptococcus, Candida y Rodothorula. Se observo un aumento en el recuento total de hongos a medida que aumentaba el tiempo de maduracion. Segun los resultados obtenidos los generos de mohos Geotrichum, Penicillium y Mucor siempre que se encuentren en un numero adecuado, actuan beneficamente en la maduracion ya que poseen un sistema de enzimas que contribuyen con la textura, color y sabor; Tambien las levaduras Cryptococcus, Rhodotorula y Candida al crecer durante los primeros dias de maduracion metabolizando el lactato y ayudando en la desacidificacion. Algunos mohos presentaron micelio esteril y algunas levaduras no se pudieron identificar. Se espera realizar la caracterizacion molecular para determinar la especie de estos aislamientos.