El estatus taxonomico de especies amenazadas debe ser establecido con precision para su adecuado manejo y conservacion. Los estudios taxonomicos basados en atributos morfologicos, presentan un limitado valor para propositos de identificacion y diferenciacion en aquellas especies que presentan una considerable variacion intraespecifica y pequenas diferencias interespecificas. Para superar esta limitacion se considera la utilidad del ADN “ barcoding” como un sistema global de identificacion de especies. En el Caribe colombiano la mojarra rayada ha sido considerada como un recurso pesquero de importancia comercial fuertemente impactado en la actualidad. La taxonomia del genero Eugerres es ampliamente inestable debido a la complejidad de los caracteres morfologicos y a la subjetividad encontrada en algunas descripciones de sus especies. Para el Atlantico occidental han sido reconocidas tres especies validas: Eugerres brasilianus y Eugerres plumieri, (marino-estuarinas), y Eugerres mexicanus , (dulceacuicola). Recientemente, ha sido redescrita Eugerres awlae , como una especie valida, considerada anteriormente como sinonimia de E. plumieri . Aunque en el Caribe colombiano se registra unicamente E. plumieri , es importante revisar la presencia de las otras especies descritas para el genero que permita determinar a que especies se les debe proponer las estrategias de manejo y conservacion . Con el fin de esclarecer la identidad taxonomica de las poblaciones de mojarra rayada en el area de estudio, se recolectaron 30 ejemplares del grupo en cada localidad, identificados a partir de sus atributos morfologicos. Posteriormente se amplifico y secuencio un segmento de 550 pb del gen mitocondrial citocromo C oxidasa subunidad I (COI) a los distintos morfotipos encontrados. El porcentaje de divergencia nucleotidica para estas secuencias fue menor al 1% y mayor al 1,7% respecto a otras especies del genero. El analisis filogenetico molecular por el metodo de maxima verosimilitud agrupo estas secuencias con una ocurrencia del 99%. Estos resultados sugieren la presencia de una sola especie ( E. plumieri ) dentro del complejo de mojarra rayada para el Caribe colombiano. De esta manera, el presente estudio busca aportar al conocimiento sobre este importante recurso pesquero con el fin de implementar medidas de manejo adecuadas para su recuperacion, asi como contribuir a la conservacion de la biodiversidad marina del pais.